こんにちは。質問ありがとうございます。
かなり情報が少ないので、なかなか的確にお答えすることが難しいですが、まず、模擬面接での質問「なぜ薬学部からではなく生命科学科から？」という質問が飛んだとして、それはつまり、進学したい大学と研究分野があり、それがたまたま薬学部ではない、という話ではないでしょうか？大学を選ぶのにもちろん学部は重要ですが、最終的には「その大学の、その学部」に行きたいというのが主になるので、その大学で学びたいことがある、という回答をすればよいと思います。

そして、製薬企業に就職することを目的としていたとしても、薬剤師になりたいわけではなく、あくまでも人間に対する医薬品の研究をする、ということで生命科学科で有機化学を学びたい、ということではないでしょうか。

もし4年生の薬学部と比べるとすれば、薬学部の切り口はやはり化学です。物質が命です。でも志望されているのが生命科学科であるからには、有機化学を極めるとしても、大学で学べることはどちらかというと生物（ヒト）寄りだと思います。なので、生き物を相手にするのか物質を相手にするのか、というところで、大きく異なってくると思います。ただ行き着く先に製薬企業を置くのは、どちらでも間違ってはいないです。

メリットということですが、有利か否かという観点から回答しますと、どちらが有利ということはありません。製薬企業にどのような職種で修飾するのかにもよりますが、大学でどのようなことを極めてきたのか、とがらせてきたのかがいずれにせよ重要です。

薬学部関係者です。有機化学は友人がいるだけで、正確でないかもしれないのですが、、、。「入社するメリット」についてのご質問ですが、やっていればどこかに入社できると勘違いしていませんか？まず、有機合成とにいっても研究室によって得意不得意がある（レベル差も）、ようです。その「生命化学科」には有機合成の研究室があるかもしれませんが大手製薬に研究者として就職している人が多い、なら、別ですが、そもそも製薬企業でよく使われる合成技術を扱っていない可能性もあります。大学院を選ぶときまでに知識をつけて選び直せばいいとも言えますが、、、。製薬の人事のひとからきいた話では、必要な合成ができる院生に就職してもらうために、特定の研究室の出身者に各製薬が集中する、とか。ただしこれは数十年前の話（コンビナトリアルの流行時）で、今の創薬トレンドは合成から離れつつあり、また、そもそも日本でも製薬企業が自社研究すらも減らすという話題すらあります。外国みたいにベンチャーでやってくれ、という流れです。ただ、それでも、合成って世界にない物質を創り出す無上の喜びがある、と、ケミストの友人は言います。ピンチはチャンス、で、必要とされる技術で特許を取って世界から受託されるベンチャー企業を創るとか、柔軟なやり方もできるようになるかもしれません。夢のある仕事です。合成がしたいのか、薬に関わりたいのか、自分は40年かけてどんな仕事で貢献したいのか、どこまで頑張れそうか、、、広く自己分析を掘り下げておくことを勧めます。その上で、「生命化学科」の卒業生の進路は大体どういう感じで、なにが学べるかの研究もして、自分にマッチしているのはここ、と思えるかどうか、でしょうか。どうしても合わないなら､他の大学・学科も考える､とか。いい選択ができることをお祈りしております。