にゃん太郎さん、こんにちは！
生命科学系を専攻しているRikoです。

①主様が希望する明治大学農学部や慶応大学薬学部から食品開発職に就く方はいらっしゃると思います。ただし学部卒で研究職になれる方はごく少数で、院卒であることが必要なことが多いです。また企業の研究職になるのに上位国公立の方が有利であることは事実であると感じています。

②数3は受験に使わないのなら必ずしもとる必要はないと思います。高校時代に数3を学んでいると大学数学にスムーズに移れるとは思いますが、数3は1A2Bに比べて難しく習得にはかなりの時間を要します。数3をとったことで1A2Bが中途半端になり、受験に支障がでてしまうのは元も子もないです。ですので1A2Bや他教科の勉強の進捗を考慮して、数3をとるメリットの方が大きいと感じたらとってもいいと思いますよ！

具体的な志がありとても素敵だと思います！受験勉強頑張ってください！