ロンボイドさん、こんにちは☀
まずは、この状況下でも内定がもらえたとのこと、おめでとうございます！

やはり専門職に就きたいのであれば、院進することをお勧めします。
大学院の2年間があるかないかでは、やはり大きな違いがありますからね。企業として理系の専門職が欲しいのであれば、学部卒学生よりも院卒学生を採るのは至極当然のことでしょう。

私の同世代もそうですし、今まで見てきた学生さん(私は大学教員です)もそうですが、理系学部卒で就職していった子は、確固たる意志を持って就活していました(学費がない、早く自立したい等理由は様々です)。
学部卒で就職しようか院進しようか悩んでいるような子はほぼ院進しています。
言ってしまえば、結局理系を捨てきれるほどの強い意志がないということですね。

ロンボイドさんのお話を読む限り、まだ理系に未練があるようですね。
もしこのまま就職したら、何か壁にぶつかった時に、「やっぱあの時院進して専門知識を身につけておけばよかった・・・」っと思うかもしれません。
研究が辛い、実験したくないと思うようであれば就職したほうがいいですが、そういう気持ちがないのであれば、院進に舵をきったほうがいいのかもしれませんね。