ねねさん、こんにちは。
理系女子大生コミュニティ凛のふうちゃんです。
現在は大学院生で生物系の勉強をしています。

医療系数学というのがどういうものかが分かりかねるので、不備のある回答になっていたら申し訳ありません。
2年生の時点で
医療数学→数学1,aのみ
理系数学→数学1,a2,b
ということを前提で話していきます。（間違っていたらごめんなさい）

結論から言うと、数学以外にも、志望大学の受験科目と理系コース、医療コースで勉強のできる科目を照らし合わせてコース選択をしてみてはいかがでしょうか。

まず、数学3を受験科目で使う大学を志望するのであれば、数３は必要です。なので、ねねさんが志望する大学学部学科ををいくつか上げてみて、受験科目を確認してみて下さい。その志望校で数3が必要であれば、数３を選択したほうがいいと思います。理系数学コースは、数３の授業が必ずあるのでしょうか？わたしの高校は文系理系の2コースでしたが、理系の中でも数３は選択授業になっていて、選択するか否かは自由でした。そこはきちんと確認した方がいいと思います。

ほかにも、医療数学の内容を事前に確認してみてはいかがでしょうか。
もし3年生で行う医療数学の内容が、数1,aの復習的な要素を多く含むだけなのであれば、数学2,bを受験科目としている大学を志望するのは難しくなると思います。数学2,bを行うのであれば、もうすでにねねさんは理系数学のコースで勉強済みであると思うので、復習のような形になるのかなと思います。

分かりにくい文章になってしまい申し訳ありません。
私の回答が少しでも参考になれば嬉しいです。
ねねさんの希望の心理が描けることを願っています！