konpeitoooさん、こんにちは！

果物の品種改良の勉強ができるのは、一般的には農学部だと思います。
大学によっては農学部という学部名でないこともあります。（例えば筑波大学の生物資源学類や、千葉大学の園芸学部など）

まずは、気になる大学の農学部などのＨＰから「育種学」などのキーワードが入っている授業があるかを見てみてください。
そういった授業が開講されていても、品種改良に取り組んでいる対象が作物などで果物の研究ができない場合もあるので、研究室や教員の研究内容紹介から、果物の品種改良の研究に取り組んでいることを確認しておくとよいと思います。
例えば筑波大学のＨＰ（https://www.bres.tsukuba.ac.jp/bachelor/member/）からは「果樹生産利用学」では果物、「植物育種学」では雑穀類や野菜類等を対象としていることが分かります。

勉強・研究したい内容、果物の種類がはっきりと決まっているのなら、進学してからのミスマッチを防ぐためにも研究室のＨＰをしっかりと確認しておくとよいと思います。研究内容が難しくて自分ではよく分からない場合は、大学に問い合わせたりしても良いと思います！

頑張って探してみてください！