こんにちは。理系女子大生コミュニティ凛のyumi*です。
東京理科大学ではないのですが、現在理工学部の応用化学科に所属しています。

まず、有機化学、無機化学、物理化学のどれを選択するかについてですが、医薬品の研究や化粧品開発において上記のどの分野からもアプローチは可能です。ただ、個人的に医薬品や化粧品の会社には有機化学専攻の人が多く就職しているイメージがあります。また、私の大学の授業でも、医薬品や化粧品関連の話は有機化学関連の授業でよく耳にしますし、この３つの中では有機化学の分野に進むのが一番医薬品や化粧品研究に関わるような勉強や研究ができるのではないかなと思います。

次に応用化学科と化学科の学習内容の違いについて、少し大学によっても差があるかもしれませんが、私の大学にも応用化学科と化学科が設置されているので、私が実際に感じた違いを簡単に述べさせていただきます。
化学科は、主に製品の開発の基盤となるような学びや研究をするイメージです。授業でも原子・分子レベルのかなり深いところまで取り扱っています。化学をより深く学びたい！という場合は化学科が向いていると思います。
一方で応用化学科は、化学を基に新たな製品を生みだすための学びや研究をするイメージです。化学科よりも、化学がどのように利用できるかなど、実践的な内容を焦点においているように感じます。化学を使って新しいものを生み出したい！という場合は応用化学科が向いていると思います。

少しでもこの回答が参考になれば幸いです。
頑張ってください！