こんにちは！
東京農工大の化学系学科に通っている者です。

自分の将来や行きたい大学についてしっかりと考えていて素晴らしいですね。私からどちらの学校の方が良いよ！ということは出来ませんが、1つのアドバイスとして学校選びの参考にしていただければ幸いです。

まず、質問者さんがおっしゃるように知名度はお茶の水女子大の方が圧倒的に上だと思います。違う大学の人やバイト先の人に農工大に通っていますと言っても皆、農業大かな？私立でしょ？みたいな反応が多いです（笑）

ただ、企業からの印象はかなり良いらしく企業の取りたい学生ランキングではかなり上みたいです。（他の大学と比べて人数が少ないので就職者数はあまり高くないですが…）

また、私は有機材料化学科（来年度から応用化学科になります）に所属しているのですが先輩で資生堂の化粧品開発部門に就職した人もいます。

就職に関しては農学部よりも工学部のほうが圧倒的に有利なので個人的には工学部をおすすめします。お茶の水女子大の研究についてはよく分からないですが、農工大工学部に通っていると、真面目に勉強していれば就職はまず大丈夫といった風潮がある気がします。院まで進めば研究室によっては企業との共同開発をしていたり就職のときも教授の推薦で有利になったりすることもあるみたいです。資生堂とのパイプがあるかは分からないです…。

どの大学に入ったとしても、大学に入ってから自分がどれだけ頑張れるかによって可能性が広がっていくと思うので頑張ってください。
応援しています！