こんにちは。
製薬会社で研究職に就き，10年になる者です。

以前に答えてくださった先輩リケジョさんにおおむね同意なのですが，実情も踏まえてお話しますね。


【要旨】
　・　薬学部＞理工学部
　・　（大学が慶応でなくてはならないなら）大学院で別の大学への進学を考える。
　・　（そうではないなら）獣医学部も視野に入れる。
　・　各製薬会社の動向をチェックして，どの分野・技術が
　　　求められているかリサーチしながら，大学の研究室選びをする

以下，長文になりますが，おゆるしを。


まず，「旧帝大が最低条件」ではありません（修士は最低条件）。

わたしは旧帝大ではない国立大の理学部（修士）出身です。
就職活動のときに，製薬会社の求める研究内容（その会社の重点疾患領域の最新研究など）や実験技術をアピールできれば，目にとめてくれる会社がきっとあるでしょう。

ただし，旧帝大の研究室と製薬会社は共同研究をしている場合が多く，強力なつながりがあるので就職に有利なことは事実。
製薬会社の研究職にこだわるなら，将来入る大学の研究室に歴史と実績を求めるのがなにより近道です。

そういう点で，正直なところ，慶応はネームバリューほどの実績がないような印象をうけます。
とくに薬学は歴史が浅く，前身の共立薬科大出身の研究者も私のまわりにはいないので，これから開拓されていくところなのだと思います。
ちなみに，慶応出身の研究者は2人（医学部と理工学部）ほどで，数十～百人単位の旧帝大（特に東大）や東京理科大出身者と比べると圧倒的に少ないです。
他社でもそういう状況だから，ネットで最低条件云々の書き込みが散見されるのではないでしょうか。

ただ，大学院で別の大学に進学することはよくよくあるので，そこで製薬会社とコネクションのある研究室に入るチャンスも。

また，研究には主に化学系（薬の化学合成）と薬理系（細胞や動物実験）があって，前者には理工学部出身が，後者には薬学部出身が多いように思います。
そして，大きい動物をあつかう研究所では獣医学部出身しか採用されないということも実はあります。

応募する母数を考えると，理（工）学部や薬学部に比べて獣医学部出身者は少ないので採用率は一番高いのではないかとも思います。


以上，つらつら書きましたが，製薬会社研究職へのオススメ進路は【要旨】のとおりです。
ご参考まで。