こんにちは！

商品開発はやはり技術的な事を伴うものですから、理系が（食材とか栄養学とかも含み）断然多いかと思います。あるいは「外箱のデザイン」のような感性・センスを問われる領域も、ありますね。
一方、企画は、アイデアとか視野のバリエーション、多角的なものの見方が必要なこともあるので、いろいろな人材を混ぜることが少なくありません。
理系出身者で企画をしている、というケースも多いです。
ただ理系の人の場合は、技術者として自社の技術を経験して理解してから、希望して企画職に異動することもあります。
いずれにしても、しっかり希望を出せば、理系から企画職に行けるチャンスは全然、少なくないです。

学部・学科ですが、製菓会社に限りませんが、「この会社で、これを研究したい」といった希望で研究職に就く場合は別にして、メーカーの場合は（特に大きな企業であれば）、学部・学科により有利不利があると言うよりは、企業の側は人材のバランスを取って採用するに過ぎないと思います。
それよりも、なぜこの会社なのか、なぜお菓子なのか、自分がどう貢献できるのか、などの、その人の”意志”とか”考え方”とか”意欲”を見て採用するのだと思います。

その点では、mizupiさんが学問としても興味があって、それを学ぶことで将来製菓においてどう役に立ちそうと想像しているのか、そのイメージを大切にすれば良いだけかと思いますよ。