こんにちは。

化学と応用化学、というより、理学部と工学部の時点でかなり違います。
理学はあくまでも学問を突き詰める学部、工学部は社会に還元することを目的とした、「ものづくり」を基本とする学部です。

学科の名前は大学によって同じ名前でも違うことをやっていたり、違う名前でも同じような分野の学問を扱っていたりするので、正直あんまり学科の名前だけで判断するのは危険です。

同じような学科でも何が違うか知りたければ、以前から特に進めているのが、その学科所属の先生方がどんな研究をされているか知ることです。
というか、それをしっかり調べないと、研究室に配属になる段階で、自分のやりたいことがないじゃん！！という事態になりかねません。

調べてみてくださいね～。

製薬会社でも、どんな職種希望かで、どこの学部卒のほうが役立つかは違ってきますのでこの質問内容では何ともいえません。